野生中药资源枯竭
中药有近80%的种类来源于野生资源。长期以来，由于人们对合理开发利用中药资源的认识不足，使得我国一些地区在不同程度上对中药资源进行了掠夺式的过度采收、捕猎；加之自然环境的恶化使一些药用动、植物丧失了适宜的生长环境，减弱了中药资源的再生能力，造成了中药资源的减少和枯竭。
目前，在以利用野生植物为主的300～400味常用中药中，有100多种出现资源量急剧下降，如冬虫夏草、川贝母、甘草、千金藤、银柴胡、肉苁蓉、绞股蓝等野生资源的破坏十分严重，逐渐陷入“越贵越挖，越挖越少，越少越贵”的恶性循环。其中，川芎、三七、北沙参等的野生个体已很难找到。由于中药资源的开发与利用，黑熊、灵猫、蛤蚧、玳瑁等药用动物资源也在减少，有些种类正面临消失；同时物种的破坏难以或根本无法恢复。
一般来说，在破坏不太严重的情况下多年生草本植物的恢复期为3~5年，而木本植物却要10~20年以上。动物则由各自的生长繁殖周期和种群数量决定。虽然近年来在中药资源的保护与合理利用方面取得了一定的成效，但中药产业依旧面临着一方面是国民经济迅速发展和人口的增长，而另一方面是资源量减少的矛盾。
无限增长的需求与管理不力
造成野生中药资源减少或珍稀动植物濒危的原因是多方面的，但最主要是人为影响和生态环境的改变。近半个世纪以来，人口的急剧增长，工业的迅速发展，及由此带来的自然及社会因素的变化，造成全球性物种灭绝速度的加剧。由于具有较高的经济价值，药用植物面临灭绝的危险更大。
一是人口增长过快是造成野生药材资源濒危的根本原因。加上全球回归自然的热潮，使得国际社会天然药物市场的成交额逐年上升，人们对野生药材资源的需要量迅速增长。而对野生药材资源无序而不加节制的采伐和过度利用，对许多野生物种的生存构成了极大威胁，严重破坏了野生药材资源的生物多样性，直接造成野生药材资源的濒危甚至灭绝。
与化学药物和生物制药技术相比，以现代科技手段开发野生药材具有命中率高、周期短、成本低的特点，成为世界各国新药创制的重要出路。世界上经常使用的药品中有一半以上来源于植物或者植物的化学合成复制品。如来源于植物药材，用于治疗心脏病、小儿白血病、淋巴癌和青光眼的基本药品，全球范围内其每年的价值超过了400亿美元。这可以反映出对野生药材的开发利用已达到空前的程度。过度的采挖或猎取，严重破坏了野生资源，致使一些品种出现衰退甚至濒临灭绝。
二是管理和认识不到位也造成了野生药材资源及其知识产权保护的失控。1987年颁布的《野生药材资源保护管理条例》距今已有20多年。在这20多年里，国内外生物多样性锐减，资源流失，生物剽窃等问题成为新时期资源保护的焦点问题，多样性保护，遗传资源的获取及保护，知识产权保护等成为资源保护的重要议题。可以说，《条例》的内容已不能完全满足和适应当前野生药材管理的需要。
我国1985年开始实施，1992年第一次修订的《专利法》，确定了对药品实施专利保护，此后中药产业的知识产权工作取得了很大的进步。但由于现代知识产权制度的基本目的是鼓励创新，其保护的对象主要是新知识、新技术、新产品，所以野生药材资源及相关传统知识处于公有领域，属于人人都可自由使用的对象。因此，野生药材遗传资源被不法团体盗用的现象越来越严重，我国野生药材遗传资源的国家主权和利益分享面临的侵害日益加剧。
目前，我国对野生药材资源的管理采用的是多部门联合管理的体制，也造成野生药材资源保护过于分散，主管部门不明确。野生动植物的行政主管部门是农业部和林业局，中药材生产经营和使用主管部门有国家中医药管理局、国家发改委、卫生部、国家食品药品监管局等多个部门。保护管理部门与生产经营部门之间还缺乏有效的沟通和信息交流，没有形成保护管理与经营使用的统一机制。
实施保护模式
不少学者都在对中药资源的濒危机制及保护策略展开研究，国家也制定了一系列的政策法规对野生中药资源进行合理保护和开发利用。
要推动野生药用植物产业从以利用野外资源为主向以利用人工培植资源为主的转变，缓解野生资源开采压力。在拯救濒危药用动植物，更有效地保护、利用现有中药资源上，最重要的是要加强政府对中药产业的宏观调控力度。在现有立法的基础上，完善对濒危药用动植物的立法，颁布更为严格的法律，解决药用植物资源开发与可持续发展的矛盾。同时，要重视人工栽培过程中保持药材地道性的问题，要监测中药资源的动态变化。在开发和使用中减少中药资源的浪费。
“种源保护”模式。主要是对野生种源不清的中药资源，依据新版《中国药典》进行本草考证、现今药源和商品调查，解决中药材运用中的品种混乱问题，达到正本清源的目的，从而落实种源保护的目标。
“种群保护”模式。主要解决珍稀的中药材增加种群数量、运用快速繁殖技术提高种群繁殖能力等问题，达到明确有效种群的保护目的，从而合理地可持续性地进行分级开发和利用。如对全国杜仲主产区的大范围调查，发现杜仲在全国的分布达300万亩以上，但绝大多数均为栽培种，野生存量极少。很多地区原有的成片野生杜仲现已消失，江西九连山野生杜仲也仅在深山中有零星单株，已濒于灭绝。另外，从遗传多样性的角度来说，在制定种群保护措施时，应当保护多个居群的遗传变异，并促进不同地区的种源交流，避免单一种源的大面积栽培；尽可能对现存的野生资源进行就地保护，收集种子贮藏或进行繁殖，防止野生资源的灭绝；加强各地不同种源之间的基因交流，防止不同种质在人工选择压力下消失。
“种植保护”模式。主要解决野生中药材资源紧缺状况及野生变家种的人工繁育栽培技术，达到增加资源量的目的。如石蒜野生资源濒临枯竭，传统种苗繁殖率又低。江西省就克服了传统种苗繁殖率低的缺陷，利用科技创新的快速繁殖方法大大提高了种苗繁殖率，满足了种植栽培的需要。
“新药源开发保护”模式。通过新药源的开发，解决了珍稀中药材的濒危机制及人工繁育问题，达到扩大药源的目的。《中国药典（2005年版）》就新增收载了杜仲叶，由于杜仲皮产量较低，价格昂贵，资源有限，而杜仲叶再生循环能力比皮快，产量大，价格低廉，所以利用叶代替皮进行生产能使成本大大降低。同时，加强对药用部位的综合利用，如以人参茎叶、种皮作为提取人参皂甙的原料；同一药用部位不同有效成分的综合利用，如在提取甘草甜素后的药渣中再提取黄酮类成分；同一有效成分的多产品综合开发利用。再如适合人工栽培的瓦布贝母作为川贝母新增来源收入《中国药典（2010版）》，解决了川贝母的资源问题。
“生物技术保护”模式。即利用生物技术，解决中药材天然活性成分大规模培养的技术问题，达到获得有效成分的目的。如人参、西洋参等药用植物，存在农药残留和重金属残留问题等，为此，利用药用植物生物技术，可以对人参实现工业化生产。
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